L'Egitto è la patria di 93 specie dei mammiferi; sei delle quali sono endemiche. Inoltre, 13 specie dei cetacei (balene e delfini) e un (dugongo) dei Sirenidi sono stati registrati dalle acque egiziane nel Mar Rosso.
Tra i piccoli mammiferi, i roditori (Rodentia) formano il gruppo più largo con 32 specie; e variano dai piccoli gerbilli all'Istrice indiano, che può crescere a un metro. Ci sono 20 specie di Carnivora, tra le quali ci sono quattro specie di volpi, compreso il piccolo fennec. I Mustelidi includono le sole popolazioni urbane nel mondo tra le donnole più diffuse.
Circa 20 specie dei mammiferi egiziani sono minacciate. Fra cui, c'è il ghepardo (Acinonyx jubatus) solo nella Depressione di Qattara; la capra berbera (Ammotragus lervia) è limitata a Gebel Uweinat e a Gebel Elba, e la popolazione della gazzella bianca o gazzella dalle corna sottili (Gazella leptoceros) è gravemente ridotta. Un certo numero dei piccoli mammiferi che si trovano lungo la costa mediterranea è minacciato dallo sviluppo.