Oltre ad essere allo svincolo di quattro regioni biogeografiche, l’Egitto è situato su una delle maggiori rotte per gli uccelli migratori. Più di 470 specie sono state registrate in Egitto, di cui solo 150 possono essere considerati residenti riproduttori. Una sola specie, il Gabbiano occhi bianchi (Larus leucophthalmus) è endemico nel Mar Rosso.
Le zone umide sulla costa mediterranea sono habitat importanti per la migrazione degli uccelli acquatici, mentre Suez è uno dei più importanti ingorghi nel mondo per gli uccelli volanti. Nell'autunno del 1981, 134,000 uccelli rapaci sono stati contati. Ci sono anche un gran numero delle cicogne bianche, le gru comuni e i pellicani bianchi che passano ogni anno attraverso quest’area.
Le zone umide dell’Egitto sono divise tra le zone umide delle coste del Mediterraneo e del Mar Rosso e le zone umide interne della Valle del Nilo e nelle diverse oasi. Essi sono habitat per una varietà degli uccelli acquatici. Lungo le coste, gli uccelli predominanti comprendono il Fenicottero rosa, il falco pescatore, le sterne e i gabbiani.
Anche nelle aree più secche, si possono trovare vari uccelli piccoli, tra i quali: la Monachella testabianca e il Lanario (Falco biarmicus).