I laghi e le zone umide della costa del Delta Mediterraneo formano un'importante eco-zona, soprattutto per gli uccelli acquatici migratori e svernanti.
Il lago Maryut, appena a sud di Alessandria, non ha alcun collegamento diretto al mare e si situa a 2,8m sotto il livello del mare. Le acque di scarico agricolo entrano nel lago attraverso i canali provocando il livello dell'acqua ad aumentare. Per mantenere il livello, l'acqua eccessiva è pompata fuori nel mare. A ovest del lago, c'è una grande barena che è stata prima una parte del lago, ma è stata separata da quando la linea ferroviaria è stata costruita nel 1858.
A est del Lago di Maryut, c'è il lago Idku, la riva nord è coperta con dune di sabbia ad eccezione di un unico gap che lo collega al mare. La salinità di questo lago è relativamente elevata; ma dove le acque agricole ci drenano nella sua parte meridionale, l'acqua è solo leggermente salmastre. Ci sono molte piccole isole nel lago di Idku e una vasta palude si è sviluppata dove i canali del drenaggio entrano.
Il lago Burullus si colloca leggermente a est del ramo di Rosetta del Nilo ed è estremamente superficiale, che varia da 0,75 m a 1 m in profondità. La parte orientale di questo piuttosto allungato lago è il più superficiale. Ci sono circa 50 piccole isole sparse per tutta la sua zona. La barra di sabbia che separa il lago dal mare varia in larghezza da poche centinaia di metri a est a circa 5 km a ovest. L'unico collegamento tra il lago e il mare è all'angolo nord-est e qui l'acqua è più salina. La salinità diminuisce a sud e l'acqua è fresca vicino ai canali e agli scoli che entrano nel lago. La produzione commerciale del sale e l'allevamento del pesce si svolgono a sud del lago dove ci sono saline.
Il Lago Manzala, a est di Damietta, è il più grande dei laghi del Delta. Ha la maggior parte dei collegamenti con il mare. La salinità è più alta nel nord-ovest e più bassa in prossimità dei canali di scolo e degli afflussi a sud e a est. Il resto del lago è salmastro. Ci sono più di 1000 isole sparse in tutto il lago e gli allevamenti ittici occupano vaste aree nel suo nord-ovest.
Il lago più superficiale fra tutti è il lago Mallaha/Bur Fuad. Ha solo 10-20 centimetri di profondità con un morbido fondo fangoso e non riceve alcuna acqua dal Nilo ma è collegato al mare. Vaste zone di sabkha ci sono attorno.
Il Lago Bardawil, molto salino, è una caratteristica importante della costa nord del Sinai e si estende su gran parte della sua lunghezza. Il lago è separato dal Mediterraneo da un basso cordone litorale che è tra 100 metri e 1 km di larghezza ed è spesso coperto dell'acqua del mare. Il fondo di sabbia di questo lago superficiale (0.5-3.0m) è coperto da macchie dell'erba dei chiozzi comuni (Ruppia spiralis); e vi è un certo numero di isole.
Il lago Bardawil è importante per la sua pesca fino a 2500 tonnellate all'anno; la maggior parte ne ha grande valore come: l'orata (Sparus auratus), e le specie dei Mugilidi. Nelle immediate vicinanze del lago il fraticello (Sterna albifrons) e il fratino (Charadrius alexandrinus) si trovano in numeri importanti a livello internazionale.
La maggior parte dei laghi supporta estensive canne di palude di (Phragmites e Typha) e aree della vegetazione alofita. Il lago Manzala contiene sommerse piante acquatiche come ad esempio Najas armata e la brasca (Potamogeton pectinatus).
Molte migliaia degli uccelli svernano su questi laghi e comprendono gabbiani (Larus minutus e L. ridibundus tra gli altri), il Fenicottero rosa (Phoenicopterus ruber), e il Cormorano (Phalacrocorax carbo). Il lago Manzala è la più importante zona umida in Egitto per gli uccelli acquatici svernanti. Per alcune specie riproduttive, è una delle aree più importanti nella regione paleartica occidentale.
Il rospo smeraldino (Bufo viridis) si trova in alcune dell'acqua salmastra, mentre il Bufo kassasii è una specie dell'acqua dolce. La biscia tassellata (Natrix tessellata) è stata registrata nelle paludi dell'acqua dolce; La (Mabuya vittata) si verifica nelle vicinanze delle paludi dell'acqua dolce e dell'acqua salmastra. Ad alcuni laghi, il gatto chaus (Felis chaus) è noto di verificarsi nelle canne di palude (Phragmites e Typha) e in altra vegetazione delle sponde.
