La costa mediterranea dell'Egitto gestisce 1.200 km, da Rafah al confine con la Striscia di Gaza a Salum alla frontiera egiziano-libica. Presso la costa, la terra inclina più o meno ripidamente a seconda di dove sia lungo la costa. La profondità di 100 metri dell'acqua è più vicino alla riva a ovest; e la distanza aumenta gradualmente a est. A Port Said è più lontana dalla riva ma più a est diventa più stretta di nuovo.
Questo è causato dal cono alluvionale costruito davanti alla foce del Nilo nella zona del Delta.
La flora e la fauna delle acque costiere sono influenzate dalla profondità dell'acqua e dalle fonti disponibili di cibo. In questa zona, la biodiversità è relativamente più bassa di quella nel Mar Rosso con le fonti primarie di cibo, come la fauna e la flora planctonica limitata. Tuttavia, abbastanza ampie praterie dell'erba del mare, Posidonia oceanica e di altre specie si trovano insieme con alcune alghe brune come le spp.Sargassum soprattutto lungo il settore occidentale della costa. Diverse specie delle alghe rosse e verdi sono anche trovate. Le erbe del mare sono così vitali che costituiscano i vivai e le fonti del cibo per una varietà di entrambi i vertebrati e gli invertebrati compresa, la minacciata Tartaruga verde,(Chelonia mydas) l'unica fra le tartarughe marine che è quasi esclusivamente vegetariana.
La fauna bentonica o che si nutre dai fondi è anche fortemente influenzata dal tipo dei fondi. In tal modo, un fondo sabbioso o limoso è adatto per alcune specie di echinodermi, molluschi e policheti, mentre un fondo più pietroso si adatta a specie differenti.
Per il sud-est del Mediterraneo, la fauna degli invertebrati è anche relativamente meno diversa, ma comprende una varietà dei molluschi (il più grande gruppo costiero), echinodermi e policheti (il più grande gruppo al largo). Altri invertebrati, come spugne, briozoi, crostacei si trovano anche in questa zona. Quattro specie di spugne hanno importanza commerciale: Spongia officinalis, S. agarcinia, S. zimocca, e Hippospongia communis sono stati registrati dalle acque egiziane del Mediterraneo.
Non ci sono veri coralli pietrosi nel Mediterraneo. Tuttavia, vi sono diverse specie di Briozoi. Questi sono minuscoli, sessili (immobili), animali coloniali che hanno di solito una lunghezza meno di mezzo millimetro. La maggior parte dei briozoi forma distese colonie che incrosteranno quasi tutte le superfici dure come i naufragi, i cavi sottomarini e gli scogli. Altre specie formano strutture vegetali o piatti eretti e si sono chiamati "Merletti corallini".
Tra i vertebrati ci sono più di 350 specie dei pesci nelle acque egiziane, di cui circa 43 sono specie indo-Pacifiche che hanno migrato attraverso il canale di Suez. Molti di questi pesci sono commercialmente importanti come le specie diverse di: coniglio, cefalo, spigola, e cernie. Otto specie dei mammiferi marini sono state registrate e, inoltre, è possibile che la rara foca monaca, (Monachus monachus) può essere ancora trovata, in un habitat adatto all'ovest di Mersa Matruh come è talvolta trovata al largo della costa della Libia, non lontano dal Confine egiziano. Tre specie delle tartarughe marine sono note nell'area: la tartaruga verde (Chelonia mydas), la tartaruga comune (Caretta caretta) e la tartaruga liuto (Dermochelys coriacea). Le tartarughe verdi e comuni si allevano sporadicamente lungo la costa egiziana. La Tartaruga liuto non è stata conosciuta a nidificarsi nelle acque egiziane ed è, infatti, la più rara delle tre specie.
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